Incapacidad laboral en Colombia:
¿quién paga y cuánto?

El mito: "la incapacidad la paga la EPS, punto"

Es lo primero que dicen muchas empresas cuando un empleado se incapacita: "eso ya no es problema nuestro, radícalo en la EPS". No es cierto para todos los días. La ley colombiana divide el pago en tramos, y el empleador sí tiene una parte obligatoria a su cargo, sin importar lo que diga en recursos humanos.

Enfermedad general: así se reparte el pago

Días 1 y 2: los paga el empleador

El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo, junto con el Decreto 780 de 2016, establece que los dos primeros días de una incapacidad por enfermedad general corren por cuenta del empleador directamente, no de la EPS. Se pagan al 66,66% del salario (dos tercios).

Del día 3 al 90: entra la EPS, mismo porcentaje

Desde el tercer día, la responsabilidad pasa a la EPS, que sigue pagando el 66,66% del salario hasta completar 90 días de incapacidad (continuos o por la misma enfermedad).

Del día 91 al 180: baja al 50%, sigue la EPS

Si la incapacidad se extiende más allá de 90 días, el porcentaje baja al 50% del salario, y lo sigue pagando la EPS hasta el día 180.

Después del día 180: entra el fondo de pensiones

Pasados los 180 días sin que el trabajador se recupere, el caso pasa al fondo de pensiones (Colpensiones o el fondo privado al que esté afiliado), que continúa pagando el 50% mientras evalúa si hay lugar a una calificación de pérdida de capacidad laboral (invalidez). Esto puede extenderse hasta 540 días en total desde el inicio de la incapacidad.

Si la incapacidad es por accidente o enfermedad laboral, la regla cambia por completo

Todo lo anterior aplica a incapacidad por enfermedad general (una gripa, una cirugía, un embarazo de riesgo, etc.). Si en cambio te incapacitan por un accidente de trabajo o una enfermedad calificada como laboral, quien paga es la ARL (Aseguradora de Riesgos Laborales), y lo hace al 100% del salario desde el primer día, sin el tramo de dos días a cargo del empleador. Esto puede mantenerse hasta 180 días, prorrogables si el tratamiento médico lo requiere.

La garantía del salario mínimo (la parte que casi nadie te explica bien)

El mismo artículo 227 del CST pone un límite importante: el valor pagado por incapacidad nunca puede ser menor al salario mínimo legal (o su equivalente diario, aproximadamente $58.364 para 2026). Si el 66,66% o el 50% de tu salario calculado da menos que eso, te deben pagar el mínimo garantizado, no el porcentaje.

Esto tiene una consecuencia que casi nadie explica: si ganas el salario mínimo o un poco más (hasta cerca de $2.600.000), el 66,66% de tu sueldo queda por debajo del mínimo diario garantizado. En la práctica, eso significa que tu incapacidad de los primeros 90 días termina pagándose casi al 100% de tu salario real, no al 66,66% que dice la fórmula. Es la ley protegiéndote sin que tengas que pedirlo — pero también significa que si tu empresa te paga exactamente el 66,66% sin comparar contra el mínimo, te está pagando de menos.

¿Y el auxilio de transporte?

No se paga durante los días de incapacidad. El auxilio de transporte compensa el desplazamiento físico al trabajo, y si no vas a trabajar por estar incapacitado, no hay gasto que compensar. En la nómina del mes, se descuenta proporcionalmente por los días que estuviste incapacitado.

Ejemplos en pesos

La creencia común es que después de 180 días de incapacidad el empleador puede despedir "con justa causa" sin más trámite (artículo 62, numeral 15 del CST). En la práctica, eso lleva años chocando con la estabilidad laboral reforzada por salud, que protege a cualquier trabajador cuya condición de salud le limite su capacidad de trabajar, tenga o no una discapacidad certificada.

Desde la Circular 0049 de 2026 del Ministerio del Trabajo, esto quedó más claro: el empleador necesita autorización previa del Ministerio del Trabajo para terminar el contrato de un trabajador en esa situación, sin importar si ya pasó el día 180 de incapacidad. El trámite exige que la empresa demuestre que agotó las opciones de reubicación o ajuste del puesto, y puede tardar varios meses, durante los cuales el contrato y el salario siguen vigentes.

Si te despiden por estar incapacitado sin esa autorización, el despido se presume discriminatorio: puedes exigir el reintegro a tu cargo y el pago de los salarios que dejaste de recibir, además de la indemnización que contempla la ley (hasta 180 días de salario, artículo 26 de la Ley 361 de 1997) si el juez lo determina.

1. Avisa a tu empleador lo antes posible y entrega el certificado de incapacidad médica original o su copia.
2. Verifica que la incapacidad quede radicada ante la EPS (o la ARL, si es de origen laboral) — normalmente lo hace la empresa, pero confirma que se haya hecho.
3. Revisa tu próximo desprendible de pago para confirmar que los días 1-2 aparezcan pagados por el empleador y el resto reflejado correctamente.
4. Si la EPS se demora en pagar (puede tardar semanas o meses en trasladar el dinero a la empresa), tu empleador debe pagarte igual y después cobrarle a la EPS — el retraso de la EPS no es excusa para no pagarte a ti.
5. Si no te pagan o te descuentan de más, guarda el desprendible de pago y pon una queja ante el Inspector de Trabajo del Ministerio del Trabajo, o presenta una demanda laboral (sin costo para el trabajador).